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而就在华东的贸易谈判代表团离开日本的第二天，伊藤博文宣布辞出首相的职位，解散内阁，重新选定首相组阁。

按照伊藤博文和山县有朋达成的协议，伊藤博文辞职之后，由军方的代表出任首相组阁，但让山县有朋为难的是，现在日本陆军找不出一个合适的人选来，因为在远东战争中，陆军损失了多位高层人员，导至在高层人员中出现了断层。有资格出任首相的首推桂太郎，但他是由于远东战争的失败而下台的，总不能立刻就二进宫吧；其次是儿玉源太郎，但现在儿玉源太郎是日本陆军硕果仅存的大将，担负的重建日本陆军的重任，让他退出军籍从政，对日本陆军是巨大的损失。

山县有朋再三思考，最终决定由寺内政毅出任首相，其实寺内政毅并不是最合适的人，资历免强够了，但寺内政毅是由于远东战争的失败而引咎辞职的，现在让他担任首相，不是不降反升了吗？但除了寺内政毅之外，也真找不出人来，只能免强顶一顶。

但山县有朋推出的人选遭到了海军的强烈反对，海军部认为在陆军情报人员独走这件事上，寺内政毅有不可推卸的责任，而且这件事情给日本造成了巨大的损失，整个陆军都应为此负责，不宜从陆军中选择首相。海军部的意见也得到大批官员的支持，都反对陆军出任首相，如果一定要从军方选人，也应从海军中找。

现在的山县有朋也是老奸巨滑的政客，到了这个时候，那还不明白自己原来是被伊藤博文算计了，但现在的大势已定，陆军也无力回天，就算免强将首相的位置抢到手，也难以长久，因此也只能顺水推舟，将首相的位置让给海军。于是最终由海军部长山本权兵卫出任首相，重新组阁。